市交通委
负责直属单位领导班子建设和干部队伍建设；负责系统内干部人事工作的宏观管理和指导，归口管理和协调专业技术职称评聘、人才交流、智力引进工作，以及委办机关、直属行政、事业单位机构编制、人事劳工和离退休干部工作；负责办理因公因私出国出境人员政审和党员因私出国（境）后的党籍管理；负责指导和协调交通委系统党的基层组织建设、宣传思想工作和交通口岸系统精神文明建设，承办系统精神文明建设领导小组办公室的日常工作，牵头组织交通委系统党建工作和职工思想政治工作研究；指导与协调交通委系统统战工作和共青团工作。
机关党总支负责委办机关党群工作。
（三）政策法规处
指导交通口岸行业的法制工作，负责起草有关交通行业地方性法规、规章草案；负责交通法律、法规、规章的宣传与解释工作，组织和指导全市交通行业普法教育工作；负责交通行业行政执法工作的监督检查和行政复议、行政诉讼工作；负责督促落实全市运政、航政的行政管理职能，指导全市交通行政执法队伍建设和交通系统法律咨询服务工作；负责交通产业发展和交通行业经济政策调研，指导交通行业的体制改革和企事业转机建制工作；负责组织管理、指导交通行业职业技术教育、成人教育和专业技术人员继续教育工作，承办厦门交通行业工人考核委员会办公室的日常工作。
（四）综合规划处
组织制订全市公路、水路（港口）、机场建设的发展战略和中长期发展规划以及年度计划并监督实施；组织编制全市综合运输网规划，公路、水路、场站、港口发展规划和交通行业科技发展规划，负责管理港航设施建设及岸线利用的布局规划；参与编制全市铁路、邮电、民航的专项发展规划；制订交通建设投资和养护，以及技术改造、设备更新的中长期规划、年度计划并组织监督实施；负责交通基本建设项目的可行性论证、立项审查、工可评估等前期工作和后评估工作；规划本地区国防交通战役网路布局；组织重大科技攻关项目，推广应用科技成果，协调交通行业环保和行业技术等管理工作；负责交通行业经济运行情况的统计、分析、监控、预测和对外发布工作。
（五）建设管理处
负责组织实施全市公路、水路（港口）、机场交通基础设施及其配套项目的建设、养护管理计划；会同有关部门培育和规范交通基本建设市场，负责交通基础设施工程建设从业单位的资质资信认定和审查，指导和协调工程施工、监督审查工程设计图、招标投标、质量、监理、施工安全管理，组织竣工验收工作；负责国防交通工程设施的勘察、设计鉴（审）定和组织实施工作及竣工验收工作；行使路政的行政管理职能，指导和督促全市公路路政机构做好路政管理工作。
（六）财务审计处
负责并指导交通委系统的财务会计、审计工作和国有资产管理监督工作；负责编制本级财务预算、基本建设财务计划，审核委属单位财务预、决算，检查分析财务预算和基建计划的执行情况；负责各种交通规费征收的管理和稽查工作；负责交通基础设施专项建设资金及口岸专项经费的筹措、使用、监督和审计；负责委属机关、企事业单位财务会计人员从业资格管理和财务执行情况的审计调查，以及委属单位领导人员的任期（离任）经济责任审计；负责交通委（口岸办）机关会计核算工作。
