市水利局
机关党委。负责局机关及在厦直属单位的党群工作，与政治处合署办公。
（三）计划财务处
负责全市水利综合规划和计划工作；拟定全市水利发展战略、中长期规划、年度计划；协助审查水工程建设项目的可行性研究报告及初步设计文件；负责水工程建设项目的立项、审核、申报工作；负责利用外资和对外协作交流，协调指导水利科技工作；监督管理水利各类费用的征收和使用及水利国有资产，指导所属单位财务、审计工作；负责水工程建设项目的内部审计及监督；负责综合统计工作。
（四）水政水资源管理处
负责《中华人民共和国水法》等水土法律、法规的组织实施和监督检查；负责拟定全市水利法制建设规划；负责地方性水法规政策的调查研究及起草工作；调解水事纠纷，维护水事秩序；负责河道采砂管理工作；承办行政诉讼、行政复议和普法宣传教育工作；实施指导全市水政执法水政监察工作。
负责水资源统一管理和保护工作；负责水资源的调查评价和供求分析，拟定原水供求及其水量分配计划；负责水资源调度；组织实施取水许可证制度和水资源费征收制度；编制全市水资源公报；负责组织水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制；监测江河湖库的水质，审核水域纳污能力，提出限制排污总量的意见，负责对入河排污口设置、改建、扩建的审查；指导城市供水的水源规划；指导全市水文工作。
组织指导全市水利设施、水域及其岸线的管理和保护；指导江河和水利枢纽工程防洪及安全运行管理；负责已建水工程除险加固、挖潜配套、技术改造和冬春水利建设项目的审批并组织实施；负责重要小（Ⅰ）型及中型水库渡汛方案和垦区、河道管理范围内建设项目的审批；负责水利行业综合经营管理工作；会同有关部门归口管理基层水利社会服务体系；协调指导水利管理单位工作。
（五）水利建设处
负责编制全市水利项目建设计划；负责全市水利工程建设的行业管理；组织协调市重点水利工程的建设和验收；负责指导全市农田水利、乡镇供水、人畜饮水和农村节约用水工作；负责基建项目初步设计及施工图审查；负责新建水利工程建设项目的审批和“三项制度”的落实，组织实施农田水利基本建设；负责组织编制全市初级水利化县（区）规划方案，负责水利新科技推广应用；协调指导水利工程质量监督工作。
根据有关规定派驻的纪检组与监察室合署办公，按照《党章》和《行政监察法》履行职责。
挂靠机构：
（一）厦门市人民政府防汛抗旱指挥部办公室
负责《中华人民共和国防洪法》贯彻实施的监督检查；组织全市防汛抗旱工作；承担市防汛抗旱指挥部的日常工作；负责市防汛预警的管理；按照市人民政府防汛抗旱指挥部的指示统一调控和调度汛期全市水利设施的水量。
（二）厦门市水土保持办公室
负责组织实施《中华人民共和国水土保持法》、《中华人民共和国水土保持法实施条例》等法律法规；对我市的水土保持工作进行管理，包括组织监测预报，预防监督；组织我市水土资源调查评价和编制水土保持规划；组织安排全市水土流失治理；负责收取水土保持设施补偿费；承担市水土保持委员会的日常工作。”
